affy chip 데이터 분석

어피칩 데이터의 분석

어피칩 raw data cell 파일의 표준화 (normalization)는 RMA 방법을 사용,

왜? 서로 다른 그룹간의 발현차이를 보는데는 RMA 방법이 제일 좋은 것으로 연구됨.

R , bioconductor의 affy 명령을 사용해서 RMA를 수행, 그럼, 배경신호제거, 사분위수표준화, 그리고 메디안폴리싱을 수행한다. 사분위수표준화는 칩간 표준화이고, 메디안폴리싱은 진간 표준화이다.

이때, affy 칩 관련 bioconductor 패키지를 이용해서, 다양한 QC를 하도록 한다.

MA, RLE, NUSE, 등등

이후의 발현비교는

limma 패키지나 maanova를 이용해서 해결하면 될 듯.