--linear or --logistic 과 --covar 사용시의 p 값 의미?

--covar 명령을 --linear/--logistic 과 같이 사용했다면, plink는 다중회귀분석을 수행하게 되며, SNP, 공변량 (covariate), 및 상호작용 term에 대한 coefficient (상관계수?) 와 p 값을 보고한다. 단지 intercept에 대한 term만 제외된다.

공변량에 대한 p 값은 공변량에 의한 조절후의 SNP-표현형 연관성에 대한 p 값이 아니다. ADD 값이 바로 공변량을 반영시킨 후의 SNP-표현형간의 연관성에 대한 p 값이다. 그 뒤의 값들이 공변량와 피노타입 간의 연관성분석의 p value 값이다. 그리고, 이 값이 극단적으로 유의하게 나오긴 하지만, SNP가 고도로 유의한 영향을 가진다는것을 의미하는것은 아니다.

CHR SNP BP A1 TEST NMISS BETA STAT P
1 rs1234567 742429 G ADD 1495 -0.03335 -0.1732 0.8625
1 rs1234567 742429 G COV1 1495 0.1143 9.748 8.321e-022

위 예에서, 공변량이 극히 상관성이 있다고 나오지만, SNP가 표현형과 관련이 있다는 증거가 되지 않는다.